生物柴油的燃料性能与石油基柴油较为接近，且具有无法比拟的性能。
（1）点火性能佳。十六烷值是衡量燃料在压燃式发动机中燃料性能好坏的质量指标，生物柴油十六烷值较高，大于45（石化柴油为45），点火性能优于石化柴油。
（2）燃料更充分。生物柴油含氧量高于石化柴油，可达11%，在燃烧过程中所需的氧气量较石化柴油少，燃烧比石化柴油更充分。
（3）适用性广。除了做公交车、卡车等柴油机的替代燃料外，生物柴油又可以做海洋运输、水域动力设备、地质矿业设备、燃料发电厂等非道路用柴油机之替代燃料。
（4）保护动力设备。生物柴油较柴油的运动黏度稍高，在不影响燃油雾化的情况下，更容易在气缸内壁形成一层油膜，从而提高运动机件的润滑性，降低机件磨损。
（5）通用性好。无需改动柴油机，可直接添加使用，同时无需另添设加油设备、储运设备及人员的特殊技术训练（通常其他替代燃料有可能需修改引擎才能使用）。
（6）安全可靠。生物柴油的闪点较石化柴油高，有利于安全储运和使用。
（7）节能降耗。生物柴油本身即为燃料，以一定比例与石化柴油混合使用可以降低油耗，提高动力性能。
（8）气候适应性强。生物柴油由于不含石蜡，低温流动性佳，适用区域广泛。
（9）功用多。生物柴油不仅可作燃油又可作为添加剂促进燃烧效果，从而具有双重功能。
（10）具有优良的环保特性。生物柴油中硫含量低，使得SO2和硫化物的排放低，可减少约30%（有催化剂时可减少70%）；生物柴油中不含对环境会造成污染的芳香烃，因而产生的废气对人体损害低。
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